國家及政府元首：Susilo Bambang Yudhoyono
維安部隊遭指控違反人權，包括刑求、虐待，及不當使用武力。目前至少有76名良心犯仍遭國家拘禁。針對宗教少數族群的威脅與攻擊行為十分普遍。因為歧視性法律、警察與社會習慣，女性權利難以實現，尤其是性權與生殖權利。過去侵犯人權者仍未能被繩之以法。過去一年沒有死刑執行。
背景
5月時，聯合國人權理事會的普遍定期審查(UN Universal Periodic Review)檢視印尼人權紀錄，審查後提出的主要建議遭印尼政府拒絕，其建議包括檢討限制言論、思想、意識與宗教的自由之特別法與命令。7月時，印尼向「消除對婦女一切歧視公約」(Convention on the Elimination of All Forms of Discrimination against Women, CEDAW) 委員會提交報告。11月時，印尼通過了東協人權宣言，此宣言因低於國際標準而飽受批評。
印尼現行法律架構對於「酷刑與其他虐待」的人權侵犯仍有許多不適宜之處，鞭刑在亞齊省仍是一種司法處罰制度，適用於違反伊斯蘭律法的刑罰。過去一年之中，至少有45人因賭博、與非配偶或親屬之異性獨處(khalwat罪)而遭鞭刑。
警察與維安部隊
對於印尼警察侵害人權的指控層出不窮，包括過度使用武力及武器、酷刑與其他虐待等。內部及外部的警方課責機制無法良好處理警察濫職案件，也極少進行人權侵害案件之後續調查。
●3月時，警方以謀殺警員為由恣意逮捕了東 Nusa Tenggara省的17名男子，西Sabu分局警方拘留他們12天，根據陳述他們全身赤裸被戴上手銬，並遭毆打，有些人因此而有穿刺傷與骨折，也有些人甚至被警察逼迫喝下自己的尿液。因為缺乏證據，6月底他們被無罪釋放。
印尼Papua省的維安部隊，包括軍警方，皆遭指控侵犯人權，包括酷刑、虐待、過當使用武力及武器與非法處決。大部分案件中，加害者沒有受到制裁，而受害者也未獲得補償。
●6月時，Papua的政治運動人士、也是主張獨立的西Papua全國委員會(National Committee for West Papua)副主席Mako Tabuni在Papua省內靠近Jayapura的Waena遭警方槍擊死亡，警方辯稱是他拒捕。政府並未針對此槍殺案進行公正或獨立的調查。
●同樣在6月，為了報復2名軍人的傷亡，士兵攻擊Papua省內位於Wamena的村落。據報導，士兵們開槍掃射，並用刺刀攻擊居民，數十人受傷，一人死亡，房舍及車輛被放火燒毀。
●8 月時，位於Papua省Yapen島上的軍警人員強制驅離一場紀念世界原住民日的和平遊行。維安人員對空鳴槍，並恣意逮捕了至少6名遊行者，其中幾位表示他們在逮捕過程被毆打。
●同樣8月，Papua省Jayawijaya區的警方恣意逮捕了5名男子，且被指控對他們拳打腳踢以強迫認罪一樁謀殺案。對於此次警方濫權事件，後來沒有任何調查。
言論自由
當局持續使用鎮壓的法律將和平政治運動者入罪，在Papua與Maluku，至少有70人因和平表述觀點而遭監禁。
●3月時5名Papua的政治運動者被起訴印尼刑法第106條「叛國罪」判處3年有期徒刑。因為他們在2011年10月參與於Abepura舉辦的「Papua第三屆人民大會」和平集會。
●7月時，Maluka一名被判15年的良心犯Johan Teterissa，在轉監過程(從Madiun監獄到中爪哇省Nusakambangan島的Batu監獄)被電纜毆打、施以拳腳，爾後他並未得到任何醫療照護。
人權捍衛者與記者因為他們的工作而持續遭面臨威脅與攻擊，國際觀察者，包括非政府組織與媒體記者，皆繼續被拒於Papua區之外，無法自由進出。
●5月時，在West Java省Bekasi，多元記者協會(Association of Journalists for Diversity)成員Tantowi Anwari被立場強硬的伊斯蘭捍衛陣線(Islamic Defenders Front)成員毆打。Tantowi向警方報案並筆錄，但直到年底此案件依舊沒有進展。
●9月時，Papua省人權律師Olga Hamadi因調查一起發生於Wamena的謀殺案與警方涉嫌酷刑與其他虐待的案件而遭到恐嚇威脅。警方沒有展開任何調查，而她的生命安全仍處於危險之中。
宗教自由
當局以煽動及褻瀆條款的法律侵害宗教自由與言論思想自由，目前至少6名良心犯因煽動及褻瀆罪名身陷囹圄。
●6月，無神論者Alexander Aan因張貼了人們解釋為對伊斯蘭與先知穆罕默德不敬言語的圖片而遭煽動罪起訴，被判2年半有期徒刑以及100萬印尼盾（10,600美元）罰款。
●7月時，東爪哇一名什葉派領袖Tajiu Muluk因褻瀆罪被Sampang地方法院以印尼刑法第156(a)條起訴，並判處2年有期徒刑，地方人權團體與法律專家質疑此案的審判公平性，9月時，他的刑期在他仍在上訴的期間被延長為4年。
宗教少數族群——包含伊斯蘭阿赫瑪迪派、伊斯蘭什葉派與基督教——面臨持續的歧視、恫嚇與攻擊。在許多案例之中，當局皆無法提供妥善保護、也無法將加害者繩之以法。
●8月時，在東爪哇省的Sampang，一群暴民攻擊什葉派社區，造成數十人受傷、一人死亡。國家人權委員會（Komnas HAM）指出警方並未採取妥善措施預防此次攻擊行動以及保護社區居民。
●西部Nusa Tenggara信奉阿赫瑪迪派的社區於2006年遭暴民攻擊並被迫遷離，至少有34個家庭仍住在Lombok市Mataram的臨時避難所內，沒有人因攻擊事件遭起訴。
●當局拒絕執行印尼最高法院2010與2011年的決議，重新開放兩座基督教教堂，包括位於Bogor的Taman Yasmin印尼基督教教堂，及位於Bekasi市Filadelfia Batak基督新教教堂。這兩座教堂於2010年被地方政府關閉，而在建築外信眾持續進行祈禱的聚會仍然面臨強硬團體的騷擾與威脅。
婦女權益
婦女的性權與生殖權的實現持續受阻，7月時，CEDAW委員會建議政府應促進大眾認識性與生殖的健康與權利，包含對未婚婦女及家務勞工婦女的權利，委員會也認為女性應享有不經丈夫同意而避孕之權利。
2010年政府規定仍然允許「女性割禮」，此法規違反印尼遵守國際人權法的義務。CEDAW委員會呼籲政府撤銷該法令，並且立法將實施女性割禮的行為入罪。
印尼國會已經連續第3年推動家務勞工法失敗，使得主要是女性的家務勞工者處於遭經濟剝削的弱勢，也無法主張應得的工作、健康、與教育權利。雖然印尼已於5月批准1990年〈保護所有移徙工人及其家庭成員權利國際公約〉(International Convention on the Protection of the Rights of All Migrant Workers and Members of Their Families)，但仍無妥善的法律保障，讓主要為女性的家務移工在國內外面臨人口販賣、強迫勞動以及其他人權侵害的危險。
有罪免責
過去發生在亞齊省、巴布亞省與Timor-Leste（過去的東帝汶）的種種人權侵犯事件，正義仍未被伸張，真相調查與被害者補償的進展相當有限。性暴力受害者至今未獲得適當的醫療、精神、性與生殖及心理的輔導服務或治療。9月時，印尼政府於聯合國人權理事會宣布他們正在通過法案成立真相與調解委員會，但至今並未有相關後續發展。2011年總統下令成立跨部門小組，策劃處理過去侵犯人權事件，但是迄今也未公布任何具體措施。
●7月時，國家人權委員會(Komnas HAM)針對1965年政變失敗對於印尼共產黨（Indonesian Communist Party, PKI）黨員與支持者的反共大清洗所涉嫌犯下的違反人道罪，撰寫了一份報告並呈交總檢察長。委員會要求司法部進行官方調查、將加害者交付人權法庭審判，並且建立真相與調解委員會。迄今尚無任何進展。
●9月時，亞齊省議會宣布亞齊的真相與調解委員會將延後成立，而受害者與家屬失去正式機制重建過去苦難的真相，也無從知曉他們所愛的人被迫失蹤或慘遭殺害後的真正行蹤。
●印尼國會於2009年要求總統為1997-1998年間13名民主支持者的強迫失蹤伸張正義，應立即展開尋找失蹤的社運人士、回復其名譽，並提供受害者家屬補償，然而總統並未履行。
●印尼政府未能落實印尼東帝汶真相與友誼委員會(Indonesia-Timor-Leste Commission of Truth and Friendship)的建議以建立調查失蹤人口的委員會，尋找過去被迫與雙親分離的東帝汶孩童行蹤，並且告知其父母。
死刑
雖已連續4年沒有執行死刑，但去年仍有12例死刑宣判，迄今仍有130人背負死刑判決。10月時最高法院在販毒走私的案件中指出死刑侵犯人權、違反憲法，而將死刑減刑，此為一振奮人心的事件。同樣地在10月，印尼政府宣布總統已經將2004-2011年間所宣判的19個死刑予以減刑。
國際特赦組織訪查／報告
訪查: 國際特赦組織代表於4月、5月及10月前往印尼訪查
相關報告:
●改革停滯：印尼的免責、歧視與維安部隊的人權侵犯–國際特赦組織呈交於聯合國人權理事會普遍定期審查，2012年5月—6月（ASA 21/003/2012）
●過度使用武力：印尼警方人權侵害行為之免責（ASA 21/010/2012）
●印尼：提交聯合國消除對婦女一切歧視委員會之報告（ASA 21/022/2012）
